菏泽市规划局设9个职能科室。

    （一）办公室

    组织协调局机关日常工作；负责局机关文电、会务、档案、保密、信访、督办和综合性文稿的起草工作；组织指导全市城乡规划系统对外经济技术合作与交流工作；指导城建档案管理工作。

    （二）政策法规科

    承担局机关规范性文件的合法性审核工作；指导城乡规划普法、行政执法和行政执法监督工作；负责全局涉法文书的审定、移送、移交工作，承担政务公开工作；承担相关行政复议和行政应诉工作。

    （三）人事科

    负责局机关及直属单位的人事管理、机构编制、离退休人员管理服务及党群工作；负责注册规划师执业资格管理工作。

    （四）总工程师办公室

    组织编制、修订全市城镇体系规划和市区总体规划、分区规划、专业规划、控制性详细规划，组织编制、审查修建性详细规划；参与审查建设项目规划设计文件；指导城乡规划计算机信息网络系统管理、开发和信息处理；负责城乡规划编制单位、技术服务单位行业管理和资质管理；指导各县城市规划的编制、修订工作；承担市城市规划委员会办公室的具体工作。

    （五）规划管理科

    负责建设项目规划设计文件和建筑工程设计方案的审查工作；依据城市总体规划、控制性详细规划，对市区规划区以内的建设项目进行选址、定点，核发《建设项目选址意见书》、《建设用地规划许可证》；参与编制、修订和实施市区总体规划、专业规划，参与编制、审查详细规划；参与建设用地计划和土地划拨、出让、转让方案的制定；参与建设项目初步设计审查和重点建设项目可行性研究。

    （六）建筑工程规划科

    参与编制市区总体规划、分区规划、专业规划和详细规划；负责建筑工程的规划审批，核发建筑工程的《建设工程规划许可证》；审查建筑工程施工设计文件，参与审查建筑工程设计方案。

    （七）市政工程规划科

    参与编制市区总体规划和控制性详细规划；组织编制和审查城市道路、给水、排水、燃气、供热、电力等市政专业工程规划；依据总体规划、控制性详细规划及专业工程规划，实施对专业工程项目的规划管理，核发市政工程的《建设工程规划许可证》。

    （八）监督检查科

    负责城市规划批后管理的监督检查和规划执法工作；负责规划投诉及信访工作；负责建设工程规划竣工验收，核发《建设工程规划验收合格证》。

    （九）县乡规划科

    指导各县城市规划的编制、修订工作；负责城乡规划编制单位、技术服务单位行业管理和资质管理；参与拟定全市城镇化发展战略；负责全市县城、建制镇、乡和村庄的规划业务指导；参与编制、修订全市城镇体系规划，指导县区村镇体系规划、镇规划、乡规划和村庄规划的编制工作；指导县区村镇规划管理工作。

    市规划局牡丹区分局、开发区分局

    市规划局牡丹区分局、开发区分局为市规划局派出机构。主要职责是：负责区内民用住宅建设规划管理；由市规划局授权负责编制区内详细规划和专项规划，对建设用地和建筑工程进行审查，核发《建设项目选址意见书》、《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》、《建设工程竣工规划验收合格证》。